Dalam suatu bidang farmasis, tentu saja
tidak asing mendengar istilah obat. Obat-obatan seiring dengan perkembangan
zaman perlu dikembangkan karena semakin banyak model penyakit-penyakit baru
yang timbulnya. Sehingga perlu dilakukan modifikasi atau pengembangan dari obat
yang lama. Salah satu metode yang dapat digunakan dan yang paling umum
diketahui adalah melihat model farmakofor. Tujuan melihat farmakofor adalah
adanya interaksi penting antara protein dan ligan.
Salah satu metode farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling
yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali
ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi
antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based
pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor,
tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar
mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar
dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu
dapat dilihat melalui aplikasi LigandScout
yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul.
Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub
kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul
(tanpa ligan) (Yang, 2011).
Kemudian, model-model farmakofor
dilakukan dengan cara menggabungkan atau mengiriskan model farmakofor tersebut.
Kemudian farmakofor tersebut diskrining terhadap moolekul senyawa yang aktif
maupun yang tidak aktif. Selanjutnya parameter yang digunakan yaitu melihat
nilai dari kurva Receiving
Operating Characteristic (ROC) dan pharmacophore fit score.
Berikut ini penjelasan parameternya adalah sebagai berikut :
-
Kurva
ROC berupa grafik dan kurva yang digunakan untuk mengecek validitas terhadap model
farmakofor. Kurva ROC menunjukkan nilai dari selektivitas dan spesifisitas dari
model farmakofor terhadap kemampuan dalam memilih senyawa aktif dan kemampuan
untuk menyingkirkan senyawa tidak aktif.
-
Pharmacophore
fit score yaitu
dengan melihat nilai fit Value dari molekul yang telah diskrining terhadap
model farmakofor yang kemudian akan diurutkan berdasarkan nilai fit Value-nya.
DAFTAR PUSTAKA
Yang., P., Liu H.-C., Chen Y.-D., Yuan H.-L., Sun S.-L., Gao
Y.-P., Yang P., Zhang L., Lu T., and Lu S. 2011. Combined Pharmacophore
Modeling, Docking, and 3DQSAR Studies of PLK1 Inhibitors, Int. J. Mol. Sci.,
12, 8713-8739.
DAFTAR PERTANYAAN :
1.
Berapa
lama waktu yang dibutuhkan untuk melihat farmakofor obat dari obat lama menjadi
obat yang baru ?
2.
Menurut
Anda, apakah lebih baik untuk melihat gejala pada masyarakat lalu merubah
farmakofor obat, ataukah mencari suatu senyawa obat yang baru?
3.
Apakah
terdapat metode lain untuk mengembangkan suatu obat selain farmakofor?
4.
Apakah
farmakofor merupakan metode yang paling baik untuk pengembangan obat?
5.
Apakah
seluruh obat-obatan sintetis, semi sintetis, maupun tanaman herbal dapat
dikembangkan dengan metode farmakofor?
hai hilda saya akan memberikan opini saya di pertanyaan no 2
ReplyDeletepada dasarnya merubah struktur obat lama lebih mudah dilakukan dibandingkan jika harus mencari dan mensintesis obat baru. Jika ingin dikaitkan dengan gejala/penyebaran penyakit di masyarakat saya rasa juga bukan merupakan hal yang sulit untuk mengubah dan memodifikasi obat yang sudah ada menjadi obat terbaharukan yang dapat mengatasi kekurangan obat generasi sebelumnya
Pertanyaan nomor 3.
ReplyDeleteMetode lain untuk pengembangan obat salah satunya yaitu QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship), dimana memadukan statistika (perhitungan) dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer.
saya setuju dengan jawaban kak feni, namun saya akan menambahkan jawaban nya diaman Dalam kimia medisinal aplikasi perancangan obat ini dikenal dengan SAR & QSAR.SAR adalah Structure Activity Relationship (Hubungan Struktur Aktivitas) dan QSAR atau Quantitative Structure Activity Relationship (Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas).
Deletebenar sekali. dengan menggunakan QSAR, bisa diketahui struktur yang memberi efek paling baik
Deletemenurut saya indentifikasi dengan farmakopor ataupun QSAR sama-sama baik dan metode tersebut mempunyai kelebihan dan kekurangan masing-masing
DeleteAssalamualaikum hil saya akan menambahkan metode untuk mempermudah mendesain obat baru menggunakan aplikasiseperti COMPUTER ASSISTED DRUG DESIGN (CADD) merupakan aplikasi komputer lebih terkini sebagai perangkat dalam proses desain obat. Aplikasi langsung dari CADD yakni mengoptimalkan kesesuaian ligan dengan suatu bagian aktif (site) pada reseptor nya
ReplyDelete2. Mnurut saya lebih baik dilihat gejala dr masyarakat, setelah itu bru di modifikasi struktur farmakofor obatnya di bandingkan mendesain obat baru lbih baik memodifikasi yg sudah ada. Krn obat baru blum bnyk d ketahui efek samping apa nanti yg bakal d timbulkan, bisa jd nanti efek samping obat bru lbih serius dr pd obat lama. Jika mmng trnyata stelah d lakukan modifikasi farmokofor efek obat blum maksimal baru lah sebaiknya di lakukan pencarian obat baru .
ReplyDeletesaya setuju dengan pendapat Chindiana, karena menurut saya untuk memodifikasi suatu obat kita harus mempunyai alasan yang kuat , misalnya kita harus mencari efek yang dihasilkan dari pengonsumsian obat tersebut yang membuat pasien tidak nyaman dari situ kita baru bisa mulai mencari tahu lead compound dan analog yang akan digunakan untuk memodifikasi obat tersebut agar efek samping yang ditimbulkan obat tersebut tidak lagi membuat penggunanya tidak nyaman
DeletePertanyaan nomor 3.
ReplyDeletepengembangan obat salah satunya yaitu QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship), dimana memadukan perhitungan dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer.
saya akan mencoba mnjawab pertanyaan no 3
ReplyDeletemetode lain untuk mengembangkan suatu obat yaitu dengan bantuan komputer (Computer assited Drug Design = CADD)' terutama berhubungan dengan parameter kimia fisika yang terlibat dalam aktivitas obat,hubungan kuantitatif struktur-aktivitas dan model kimia kuantum atau perhitungan orbit molekul
Program komputer untuk rancangan obat rasional antara lain :
BIOCES : Biochemical Expert System, untuk model protein, rekayasa protein dan Kimia Medisinal2) CoMFA : Comparative Moleculer Field Analysis (SYBYL).3) EMIL : Example Mediated Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan analog.4) MMMS : untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia kuantum.5) GREEN : untuk studi struktur reseptor6) RECEPT : untuk rasional superkomposisi molekul dan mapping reseptor7) MMS-X : untuk rancangan obat, mapping reseptor dan analisis konformasi
Program komputer untuk menghubungkan struktur molekul dengan aktivitas biologis antara lain :
ALS : Adaptive Least Square 2) LDA : Linear Discriminant Analysis3) SIMCA :Statistical Isolinear Multiple Compound Analysis4) LLM ;Linear Learning Machine5) SAS : Statitistical Analysis System6) HANSCH : metode Hansch,regresi linear.7) QSAR : analisis regresi dan de novo
no 3
ReplyDeleteMetode lain untuk pengembangan obat salah satunya yaitu QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship), dimana memadukan statistika (perhitungan) dengan sifat fisikokimia senyawa yang dapat dikalkulasi dengan bantuan komputer.serta struktur yang memberi efek paling baik
hai kak,disini saya juga akan menjawab pertanyaan nomor 3,metode lain yang bisa digunakan seperti,CADD (Computer assited Drug Design) terutama berhubungan dengan parameter kimia fisika yang terlibat dalam aktivitas obat,hubungan kuantitatif struktur-aktivitas dan model kimia kuantum atau perhitungan orbit molekul.untuk rancangan obat rasional bisa digunakan:
ReplyDeleteBIOCES(Biochemical Expert System),RECEPT,MMS-X,EMIL,CoMFA
Untuk jawabn no 3,
ReplyDeleteMetode lain yaitu :
Pendekatan sistem biologik untuk penemuan dan pengembangan obat dilakukan pada komposisi metabolit dalam cairan biologik dengan kromatografi cair yang dilengkapi dengan detektor yang berbeda seperri spektroskopi massa, detektor fluoresensi atau elektrokimia yang meliputi karakteristik fisiko-kimia yang luaa
no 3
ReplyDeletemetode lain untuk mengembangkan suatu obat yaitu dengan bantuan komputer (Computer assited Drug Design = CADD)' terutama berhubungan dengan parameter kimia fisika yang terlibat dalam aktivitas obat,hubungan kuantitatif struktur-aktivitas dan model kimia kuantum atau perhitungan orbit molekul
Program komputer untuk rancangan obat rasional antara lain :
BIOCES : Biochemical Expert System, untuk model protein, rekayasa protein dan Kimia Medisinal2) CoMFA : Comparative Moleculer Field Analysis (SYBYL).3) EMIL : Example Mediated Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan analog.4) MMMS : untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia kuantum.5) GREEN : untuk studi struktur reseptor6) RECEPT : untuk rasional superkomposisi molekul dan mapping reseptor7) MMS-X : untuk rancangan obat, mapping reseptor dan analisis konformasi
Program komputer untuk menghubungkan struktur molekul dengan aktivitas biologis antara lain :
ALS : Adaptive Least Square 2) LDA : Linear Discriminant Analysis3) SIMCA :Statistical Isolinear Multiple Compound Analysis4) LLM ;Linear Learning Machine5) SAS : Statitistical Analysis System6) HANSCH : metode Hansch,regresi linear.7) QSAR : analisis regresi dan de novo
saya ingin menambahkan jawaban no 3 Dalam modifikasi molekul, metode yang digunakan sangat berfariasi, antara lain yaitu :
ReplyDelete1.Penyederhanaan molekul
Dalam metode ini dilakukan pemecahan, penyisipan, atau pemotongan bagian dari struktur molekul yang besar, melalui proses sintesis yang sistematik, dan dievaluasi bagian struktur atau prototipe analognya. Pada umumnya dilakukan pada senyawa-senyawa produk alam, seperti kokain, tubokurarin, morfin dan kuinin.
Contoh :
Kokain disederhanakan molekulnya menjadi benzokain, prokain, tetrakain, butetamin, amilokain, piperokain, dan meprilkain.
2.Penggabungan molekul
Pada metode ini dilakukan addisi (penambahan), replikasi atau hibridisasi molekul senyawa induk, melalui proses sintesis dan kemudian dievaluasi prototipe analog yang lebih kompleks
Hai hilda saya igon menambahkan yaa Penelusuran studi Farmakofor ini yaitu Alasan lain mengapa pendekatan berbasis farmakofor sering digunakan pada desain obat adalah adanya struktur 3D yang hilang pada Banyak makromolekul yang diinginkan Banyak target obat sekarang ini merupakan membrane bounde
ReplyDelete