Dalam suatu bidang farmasis, tentu saja
tidak asing mendengar istilah obat. Obat-obatan seiring dengan perkembangan
zaman perlu dikembangkan karena semakin banyak model penyakit-penyakit baru
yang timbulnya. Sehingga perlu dilakukan modifikasi atau pengembangan dari obat
yang lama. Salah satu metode yang dapat digunakan dan yang paling umum
diketahui adalah melihat model farmakofor. Tujuan melihat farmakofor adalah
adanya interaksi penting antara protein dan ligan.
Salah satu metode farmakofor yaitu metode ligand-based pgharmacophore modelling
yaitu dengan cara mengimpit/menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali
ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi
antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based
pharmacophore design, dalam hal untuk pemodelan farmakofor,
tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar
mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar
dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu
dapat dilihat melalui aplikasi LigandScout
yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul.
Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub
kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul
(tanpa ligan) (Yang, 2011).
Kemudian, model-model farmakofor
dilakukan dengan cara menggabungkan atau mengiriskan model farmakofor tersebut.
Kemudian farmakofor tersebut diskrining terhadap moolekul senyawa yang aktif
maupun yang tidak aktif. Selanjutnya parameter yang digunakan yaitu melihat
nilai dari kurva Receiving
Operating Characteristic (ROC) dan pharmacophore fit score.
Berikut ini penjelasan parameternya adalah sebagai berikut :
-
Kurva
ROC berupa grafik dan kurva yang digunakan untuk mengecek validitas terhadap model
farmakofor. Kurva ROC menunjukkan nilai dari selektivitas dan spesifisitas dari
model farmakofor terhadap kemampuan dalam memilih senyawa aktif dan kemampuan
untuk menyingkirkan senyawa tidak aktif.
-
Pharmacophore
fit score yaitu
dengan melihat nilai fit Value dari molekul yang telah diskrining terhadap
model farmakofor yang kemudian akan diurutkan berdasarkan nilai fit Value-nya.
DAFTAR PUSTAKA
Yang., P., Liu H.-C., Chen Y.-D., Yuan H.-L., Sun S.-L., Gao
Y.-P., Yang P., Zhang L., Lu T., and Lu S. 2011. Combined Pharmacophore
Modeling, Docking, and 3DQSAR Studies of PLK1 Inhibitors, Int. J. Mol. Sci.,
12, 8713-8739.
DAFTAR PERTANYAAN :
1.
Berapa
lama waktu yang dibutuhkan untuk melihat farmakofor obat dari obat lama menjadi
obat yang baru ?
2.
Menurut
Anda, apakah lebih baik untuk melihat gejala pada masyarakat lalu merubah
farmakofor obat, ataukah mencari suatu senyawa obat yang baru?
3.
Apakah
terdapat metode lain untuk mengembangkan suatu obat selain farmakofor?
4.
Apakah
farmakofor merupakan metode yang paling baik untuk pengembangan obat?
5.
Apakah
seluruh obat-obatan sintetis, semi sintetis, maupun tanaman herbal dapat
dikembangkan dengan metode farmakofor?